Dos 24 programas existentes na Universidade, sete tiveram crescimento nas notas e, ao todo, 11 têm agora nível de excelência internacional.
A Avaliação da Capes, divulgada em fase preliminar, mostra a PUCRS com conceito médio 5,36 entre as IES com dez ou mais PPGs. No País, a segunda posição é da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), com 5,27, e, no RS, a UFRGS obteve 5,10. O conceito máximo da Capes é 7, mas a partir da nota 6 os programas aferidos são considerados de excelência internacional.
Nas últimas cinco avaliações a PUCRS teve crescimento constante, passando de 4,24 (triênio 2001-2003) para 4,48 (triênio 2004-2006) e, na sequência, conquistando 5,00 (triênio 2007-2009) e 5,21 (triênio 2010-2012), até chegar ao nível atual. Os PPGs que tiveram evolução em suas notas foram: Gerontologia Biomédica (de 6 para 7), Letras (de 6 para 7), Ciência da Computação (de 5 para 6), Comunicação Social (de 4 para 5), Ciências Sociais (de 4 para 5), Educação em Ciências e Matemática (de 4 para 5) e Biotecnologia Farmacêutica – mestrado profissionalizante (de 4 para 5).