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O IGC leva em consideração avaliações da graduação e da pós-graduação. Na graduação, foi considerada a média ponderada dos Conceitos Preliminares de Curso (CPC) do período de 2010 a 2012, que, por sua vez, incluem a avaliação do desempenho dos estudantes no Enade (Exame Nacional de Desempenho de Estudantes), da infraestrutura e do corpo docente (porcentagem de mestres, doutores e professores em dedicação exclusiva). Já em relação à pós-graduação, são considerados os conceitos atribuídos aos cursos de mestrado e doutorado pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes).
No total, foram avaliadas 2.171 instituições públicas e privadas, entre universidades, centros universitários e faculdades isoladas. Destas, apenas 23 receberam o conceito 5, sendo 9 universidades e 14 faculdades.
Os resultados detalhados referentes ao IGC 2012 podem ser conferidos no site do INEP, em www.inep.gov.br.