A Universidade Federal de Pelotas é a 28ª melhor universidade do País, segundo pesquisa anual realizada pelo jornal Folha de São Paulo. A pesquisa, que avaliou 192 instituições de ensino superior, públicas e privadas, leva em consideração itens como qualidade da pesquisa, ensino, internacionalização, inovação e mercado. No quesito ensino, a UFPel é a 21ª e em pesquisa a posição conquistada é a 19ª. Entre os cursos de graduação, a UFPel tem dois entre os dez melhores, Agronomia e Ciência da Computação, ambos na nona posição. É a quarta melhor do Rio Grande do Sul, ficando atrás da UFRGS, UFSM e PUC RS.
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