A iniciativa busca fortalecer o ensino superior no interior da Amazônia e reforça as expectativas de ampliar a produção de conhecimento acerca da realidade regional e promover ações visando a superação de problemas específicos dessa região.
As três outras universidades federais que estão sendo criadas são a Universidades Federais da Região do Cariri, no Ceará, com sede em Juazeiro do Norte; Universidade Federal do Oeste da Bahia (Ufoba), com sede em Barreiras, e a Universidade Federal do Sul da Bahia (Ufesba), em Itabuna.