O CPC leva em conta o rendimento dos alunos (55% da nota), infraestrutura (15%) e corpo docente (30%). Na nota dos docentes, a quantidade de mestres pesa 15% do total, já dedicação integral e doutores representam 7,5% da nota.
O IGC é uma avaliação trienal. A Metodista teve 41 cursos avaliados neste período. Além de ter mantido a primeira posição na região entre as universidades privadas, apontada na primeira edição do índice, de 2008, um dos destaques desta avaliação foi o conceito médio dos cursos de Doutorado: o sétimo melhor entre as universidades privadas do Estado de São Paulo.