A região Sudeste concentra o maior número de matrículas — 2.516.712, que representam 49,2% do total. Em seguida, vem o Nordeste, com 965.502 (18,9%). Na região, 31,8% das matrículas são ofertadas em instituições federais e 31,4% em estaduais, enquanto no Sudeste a maior parte dos alunos (55,3%) está em instituições particulares.
O censo de 2009 registra 2.314 instituições de educação superior — 245 públicas e 2.069 particulares. No período de um ano, houve crescimento de 3,8% no número de instituições públicas e 2,6% no de particulares. O levantamento registra 186 universidades, 127 centros universitários e 1.966 faculdades. Além disso, 35 instituições federais públicas de educação profissional e tecnológica oferecem cursos superiores.